CITYNETは、全会員から構成される総会を最高機関とし、会長（1都市）、副会長（2都市）、実行委員（9会員）、監査役（1都市）および事務局長（1名）から構成された実行委員会をもっています。

総会（107会員：69都市38団体、2006年12月4日現在）：
総会は4年ごとに開催され、CITYNET活動の確認、それぞれの役職選出をその開催目的としています。また、4年間中期計画を承認し、必要に応じて憲章改正を行うこともあります。

実行委員会（13会員）：
会長（1名）、副会長（2名）と9会員及び事務局設置都市（横浜市）で構成され、中期計画のもとに2年ごとの活動計画を作成します。また、新規会員の入会を承認し、事務局の運営指針を定めます。最低でも2年に1回は開かれます。（現在は、毎年開催しています）

事務局：
事務局は、事務局長と8人（2006年12月1日現在）の事務局員で構成され、CITYNET活動の実行とコーディネートの主体となっています。事務局長は、総会と実行委員会に事業活動や財政状況の報告、活動計画の提案などを行うことになっています。1992年以来、横浜市に事務局がおかれています。